#For illustration purpose only. Modify to suit your need. #this one has all residues, ters as TERN and TERC. #It also has HEM, CO, O2, HOH, PGA. #STND #Based on OPLS as in UHBD. Originally from Cindy Gibas #Nucleos acid added by Jie Liang, with other minor modification resi atom chrg epsi sigm radi end ALA N -0.400 0.170 3.250 1.625 ALA H 0.250 0.000 0.000 1.200 ALA CA 0.100 0.080 3.800 1.900 ALA CB 0.000 0.160 3.910 1.955 ALA C 0.600 0.105 3.750 1.875 ALA O -0.550 0.210 2.960 1.480 ALA OXT -0.550 0.210 2.960 1.480 ARG N -0.400 0.170 3.250 1.625 ARG H 0.250 0.000 0.000 1.200 ARG CA 0.100 0.800 3.800 1.900 ARG CB 0.000 0.118 3.905 1.952 ARG CG 0.000 0.118 3.905 1.952 ARG CD 0.100 0.118 3.905 1.952 ARG NE -0.400 0.170 3.250 1.625 ARG HE 0.300 0.000 0.000 1.200 ARG CZ 0.500 0.050 2.250 1.125 ARG NH1 -0.450 0.170 3.250 1.625 ARG HH11 0.350 0.000 0.000 1.200 ARG HH12 0.350 0.000 0.000 1.200 ARG NH2 -0.450 0.170 3.250 1.625 ARG HH21 0.350 0.000 0.000 1.200 ARG HH22 0.350 0.000 0.000 1.200 ARG C 0.600 0.105 3.750 1.875 ARG O -0.550 0.210 2.960 1.480 ARG OXT -0.550 0.210 2.960 1.480 #as above. JL 5/28/96 ASN N -0.400 0.170 3.250 1.625 ASN H 0.250 0.000 0.000 1.200 ASN CA 0.100 0.080 3.800 1.900 ASN CB 0.000 0.118 3.905 1.952 ASN CG 0.550 0.105 3.750 1.875 ASN OD1 -0.550 0.210 2.960 1.480 ASN ND2 -0.600 0.170 3.250 1.625 ASN HD21 0.300 0.000 0.000 1.200 ASN HD22 0.300 0.000 0.000 1.200 ASN C 0.600 0.105 3.750 1.875 ASN O -0.550 0.210 2.960 1.480 ASP N -0.400 0.170 3.250 1.625 ASP H 0.250 0.000 0.000 1.200 ASP CA 0.100 0.800 3.800 1.900 ASP CB 0.000 0.118 3.905 1.952 ASP CG 0.140 0.105 3.750 1.675 ASP OD1 -0.570 0.210 2.960 1.480 ASP OD2 -0.570 0.210 2.960 1.480 ASP HD 0.000 0.000 0.000 0.000 #because it's not really there ASP C 0.600 0.105 3.750 1.875 ASP O -0.550 0.210 2.960 1.480 ASP OXT -0.550 0.210 2.960 1.480 CYS N -0.400 0.170 3.250 1.625 CYS H 0.250 0.000 0.000 1.200 CYS CA 0.100 0.080 3.800 1.900 CYS CB 0.000 0.118 3.905 1.952 CYS SG -0.190 0.250 3.550 1.775 CYS HG 0.190 0.000 0.000 1.200 CYS C 0.600 0.105 3.750 1.875 CYS O -0.550 0.210 2.960 1.480 CYS OXT -0.550 0.210 2.960 1.480 CSS N -0.400 0.170 3.250 1.625 CSS H 0.250 0.000 0.000 1.200 CSS CA 0.100 0.080 3.800 1.900 CSS CB 0.190 0.118 3.905 1.952 CSS SG -0.190 0.250 3.550 1.775 CSS C 0.600 0.105 3.750 1.875 CSS O -0.550 0.210 2.960 1.480 GLN N -0.400 0.170 3.250 1.625 GLN H 0.250 0.000 0.000 1.200 GLN CA 0.100 0.080 3.800 1.900 GLN CB 0.000 0.118 3.905 1.952 GLN CG 0.000 0.118 3.905 1.952 GLN CD 0.550 0.105 3.750 1.875 GLN OE1 -0.550 0.210 2.960 1.480 GLN NE2 -0.600 0.170 3.250 1.625 GLN HE21 0.300 0.000 0.000 1.200 GLN HE22 0.300 0.000 0.000 1.200 GLN C 0.600 0.105 3.750 1.875 GLN O -0.550 0.210 2.960 1.480 GLN OXT -0.550 0.210 2.960 1.480 GLU N -0.400 0.170 3.250 1.625 GLU H 0.250 0.000 0.000 1.200 GLU CA 0.100 0.800 3.800 1.900 GLU CB 0.000 0.118 3.905 1.952 GLU CG 0.000 0.118 3.905 1.952 GLU CD 0.140 0.105 3.750 1.675 GLU OE1 -0.570 0.210 2.960 1.480 GLU OE2 -0.570 0.210 2.960 1.480 GLU HE 0.000 0.000 0.000 0.000 #because it's not really there GLU C 0.600 0.105 3.750 1.875 GLU O -0.550 0.210 2.960 1.480 GLU OXT -0.550 0.210 2.960 1.480 GLY N -0.400 0.170 3.250 1.625 GLY H 0.250 0.000 0.000 1.200 GLY CA 0.100 0.118 3.800 1.900 GLY C 0.600 0.105 3.750 1.875 GLY O -0.550 0.210 2.960 1.480 GLY OXT -0.550 0.210 2.960 1.480 HIS N -0.400 0.170 3.250 1.625 HIS H 0.250 0.000 0.000 1.200 HIS CA 0.100 0.080 3.800 1.900 HIS CB 0.000 0.118 3.905 1.952 HIS CG 0.100 0.145 3.750 1.875 HIS ND1 -0.400 0.170 3.250 1.625 HIS HD1 0.300 0.000 0.000 1.200 HIS CE1 0.300 0.145 3.750 1.875 HIS NE2 -0.400 0.170 3.250 1.625 HIS HE2 0.000 0.000 0.000 0.000 #because it's not really there HIS CD2 0.100 0.145 3.750 1.875 HIS C 0.600 0.105 3.750 1.875 HIS O -0.550 0.210 2.960 1.480 HIS OXT -0.550 0.210 2.960 1.480 #as above. JL 5/28/96 ILE N -0.400 0.170 3.250 1.625 ILE H 0.250 0.000 0.000 1.200 ILE CA 0.100 0.080 3.800 1.900 ILE CB 0.000 0.080 3.850 1.925 ILE CG1 0.000 0.118 3.905 1.952 ILE CG2 0.000 0.160 3.910 1.955 ILE CD1 0.000 0.175 3.905 1.952 ILE C 0.600 0.105 3.750 1.875 ILE O -0.550 0.210 2.960 1.480 ILE OXT -0.550 0.210 2.960 1.480 LEU N -0.400 0.170 3.250 1.625 LEU H 0.250 0.000 0.000 1.200 LEU CA 0.100 0.080 3.800 1.900 LEU CB 0.000 0.118 3.905 1.952 LEU CG 0.000 0.080 3.850 1.925 LEU CD1 0.000 0.160 3.910 1.955 LEU CD2 0.000 0.160 3.910 1.955 LEU C 0.600 0.105 3.750 1.875 LEU O -0.550 0.210 2.960 1.480 LEU OXT -0.550 0.210 2.960 1.480 LYS N -0.400 0.170 3.250 1.625 LYS H 0.250 0.000 0.000 1.200 LYS CA 0.100 0.800 3.800 1.900 LYS CB 0.000 0.118 3.905 1.952 LYS CG 0.000 0.118 3.905 1.952 LYS CD 0.000 0.118 3.905 1.952 LYS CE 0.250 0.118 3.905 1.952 LYS NZ -0.300 0.170 3.250 1.625 LYS HZ1 0.350 0.000 0.000 1.200 LYS HZ2 0.350 0.000 0.000 1.200 LYS HZ3 0.350 0.000 0.000 1.200 LYS 1HZ 0.350 0.000 0.000 1.200 #same as 1HZ etc LYS 2HZ 0.350 0.000 0.000 1.200 LYS 3HZ 0.350 0.000 0.000 1.200 LYS C 0.600 0.105 3.750 1.875 LYS O -0.550 0.210 2.960 1.480 LYS OXT -0.550 0.210 2.960 1.480 MET N -0.400 0.170 3.250 1.625 MET H 0.250 0.000 0.000 1.200 MET CA 0.100 0.080 3.800 1.900 MET CB 0.000 0.118 3.905 1.952 MET CG 0.060 0.118 3.800 1.900 MET SD -0.120 0.250 3.550 1.775 MET CE 0.060 0.170 3.800 1.900 MET C 0.600 0.105 3.750 1.875 MET O -0.550 0.210 2.960 1.480 MET OXT -0.550 0.210 2.960 1.480 PHE N -0.400 0.170 3.250 1.625 PHE H 0.250 0.000 0.000 1.200 PHE CA 0.100 0.080 3.800 1.900 PHE CB 0.000 0.118 3.905 1.952 PHE CG 0.000 0.110 3.750 1.875 PHE CD1 0.000 0.110 3.750 1.875 PHE CD2 0.000 0.110 3.750 1.875 PHE CE1 0.000 0.110 3.750 1.875 PHE CE2 0.000 0.110 3.750 1.875 PHE CZ 0.000 0.110 3.750 1.875 PHE C 0.600 0.105 3.750 1.875 PHE O -0.550 0.210 2.960 1.480 PHE OXT -0.550 0.210 2.960 1.480 PRO N -0.250 0.170 3.250 1.625 PRO CD 0.100 0.118 3.800 1.900 PRO CA 0.100 0.080 3.800 1.900 PRO CB 0.000 0.118 3.905 1.952 PRO CG 0.000 0.118 3.905 1.952 PRO C 0.600 0.105 3.750 1.875 PRO O -0.550 0.210 2.960 1.480 PRO OXT -0.550 0.210 2.960 1.480 SER N -0.400 0.170 3.250 1.625 SER H 0.250 0.000 0.000 1.200 SER CA 0.100 0.080 3.800 1.900 SER CB 0.250 0.118 3.905 1.952 SER OG -0.650 0.170 3.070 1.535 SER HG 0.400 0.000 0.000 1.200 SER C 0.600 0.105 3.750 1.875 SER O -0.550 0.210 2.960 1.480 SER OXT -0.550 0.210 2.960 1.480 THR N -0.400 0.170 3.250 1.625 THR H 0.250 0.000 0.000 1.200 THR CA 0.100 0.080 3.800 1.900 THR CB 0.250 0.080 3.850 1.925 THR CG2 0.000 0.160 3.910 1.955 THR OG1 -0.650 0.170 3.070 1.535 THR HG1 0.400 0.000 0.000 1.200 THR C 0.600 0.105 3.750 1.875 THR O -0.550 0.210 2.960 1.480 THR OXT -0.550 0.210 2.960 1.480 TRP N -0.400 0.170 3.250 1.625 TRP H 0.250 0.000 0.000 1.200 TRP CA 0.100 0.080 3.800 1.900 TRP CB 0.000 0.118 3.905 1.952 TRP CG -0.030 0.145 3.750 1.875 TRP CD1 0.060 0.145 3.750 1.875 TRP NE1 -0.360 0.170 3.250 1.625 TRP HE1 0.300 0.000 0.000 1.200 TRP CE2 -0.040 0.145 3.750 1.875 TRP CZ2 0.000 0.110 3.750 1.875 TRP CH2 0.000 0.110 3.750 1.875 TRP CZ3 0.000 0.110 3.750 1.875 TRP CE3 -0.030 0.110 3.750 1.875 TRP CD2 0.100 0.145 3.750 1.875 TRP C 0.600 0.105 3.750 1.875 TRP O -0.550 0.210 2.960 1.480 TRP CT2 0.600 0.105 3.750 1.875 TRP CNT -0.050 0.080 3.800 1.900 TRP ONT -0.550 0.210 2.960 1.480 TRP OXT -0.550 0.210 2.960 1.480 TYR N -0.400 0.170 3.250 1.625 TYR H 0.250 0.000 0.000 1.200 TYR CA 0.100 0.080 3.800 1.900 TYR CB 0.000 0.118 3.905 1.952 TYR CG 0.000 0.110 3.750 1.875 TYR CD1 0.000 0.110 3.750 1.875 TYR CE1 0.000 0.110 3.750 1.875 TYR CZ 0.250 0.110 3.750 1.875 TYR OH -0.650 0.170 3.070 1.535 TYR HH 0.400 0.000 0.000 1.200 TYR CE2 0.000 0.110 3.750 1.875 TYR CD2 0.000 0.110 3.750 1.875 TYR C 0.600 0.105 3.750 1.875 TYR O -0.550 0.210 2.960 1.480 TYR OXT -0.550 0.210 2.960 1.480 VAL N -0.400 0.170 3.250 1.625 VAL H 0.250 0.000 0.000 1.200 VAL CA 0.100 0.080 3.800 1.900 VAL CB 0.000 0.080 3.850 1.925 VAL CG1 0.000 0.160 3.910 1.955 VAL CG2 0.000 0.160 3.910 1.955 VAL C 0.600 0.105 3.750 1.875 VAL O -0.550 0.210 2.960 1.480 VAL OXT -0.550 0.210 2.960 1.480 HOH O -0.834 0.152 3.151 1.575 HOH H1 0.417 0.000 0.000 1.200 HOH H2 0.417 0.000 0.000 1.200 HOH 1HO 0.417 0.000 0.000 1.200 HOH 2HO 0.417 0.000 0.000 1.200 CO C 0.021 0.118 4.980 2.490 CO O -0.021 0.210 3.080 1.540 O2 O1 -0.000 0.210 3.080 1.540 O2 O2 0.000 0.210 3.080 1.540 TERN N -0.320 0.170 3.250 1.625 TERN HT1 0.330 0.000 0.000 1.200 TERN HT2 0.330 0.000 0.000 1.200 TERN HT3 0.330 0.000 0.000 1.200 ASP 1H 0.330 0.000 0.000 1.200 #same as TERN HT1, etc. ASP 2H 0.330 0.000 0.000 1.200 ASP 3H 0.330 0.000 0.000 1.200 GLN 1H 0.330 0.000 0.000 1.200 #same as TERN HT1, etc. GLN 2H 0.330 0.000 0.000 1.200 GLN 3H 0.330 0.000 0.000 1.200 LYS 1H 0.330 0.000 0.000 1.200 #same as TERN HT1, etc. LYS 2H 0.330 0.000 0.000 1.200 LYS 3H 0.330 0.000 0.000 1.200 TERN CA 0.330 0.080 3.800 1.900 TERC C 0.190 0.105 3.750 1.875 #old charge 1.4 TERC CA 0.100 0.080 3.800 1.900 TERC O -0.570 0.210 2.960 1.480 TERC OXT -0.570 0.210 2.960 1.480 TERC OCT1 -0.570 0.210 2.960 1.480 TERC OCT2 -0.570 0.210 2.960 1.480 TERC HXT 0.000 0.000 0.000 0.000 # because it's not really there HEM NA -0.400 0.170 3.250 1.625 HEM NB -0.400 0.170 3.250 1.625 HEM NC -0.400 0.170 3.250 1.625 HEM ND -0.400 0.170 3.250 1.625 HEM C1A 0.000 0.145 3.750 1.875 HEM CHA -0.144 0.115 3.800 1.900 HEM HHA 0.116 0.000 0.000 1.200 HEM C4D 0.000 0.145 3.750 1.875 HEM C1B 0.000 0.145 3.750 1.875 HEM CHB -0.144 0.115 3.800 1.900 HEM HHB 0.116 0.000 0.000 1.200 HEM C4A 0.000 0.145 3.750 1.875 HEM C1C 0.000 0.145 3.750 1.875 HEM CHC -0.144 0.115 3.800 1.900 HEM HHC 0.116 0.000 0.000 1.200 HEM C4B 0.000 0.145 3.750 1.875 HEM C1D 0.000 0.145 3.750 1.875 HEM CHD -0.144 0.115 3.800 1.900 HEM HHD 0.116 0.000 0.000 1.200 HEM C4C 0.000 0.145 3.750 1.875 HEM C2A -0.013 0.145 3.750 1.875 HEM CAA -0.013 0.118 3.905 1.952 HEM C3A -0.013 0.145 3.750 1.875 HEM CMA -0.013 0.175 3.905 1.952 HEM CBA -0.013 0.118 3.905 1.952 HEM CGA 0.140 0.105 3.750 1.675 HEM O1A -0.570 0.210 2.960 1.480 HEM O2A -0.570 0.210 2.960 1.480 HEM O1 -0.570 0.210 2.960 1.480 #same as HEM O1A. JL 5/28/96 HEM O2 -0.570 0.210 2.960 1.480 #same as HEM O2A. JL 5/28/96 HEM C2B -0.013 0.145 3.750 1.875 HEM CMB -0.013 0.175 3.905 1.952 HEM C3B 0.087 0.145 3.750 1.875 HEM CAB -0.200 0.115 3.800 1.900 HEM HB1 0.086 0.000 0.000 1.200 HEM CBB -0.200 0.140 3.850 1.925 HEM HB2 0.087 0.000 0.000 1.200 HEM HB3 0.087 0.000 0.000 1.200 HEM C2C -0.013 0.145 3.750 1.875 HEM CMC -0.013 0.175 3.905 1.952 HEM C3C 0.087 0.145 3.750 1.875 HEM CAC -0.200 0.115 3.800 1.900 HEM HC1 0.086 0.000 0.000 1.200 HEM CBC -0.200 0.140 3.850 1.925 HEM HC2 0.087 0.000 0.000 1.200 HEM HC3 0.087 0.000 0.000 1.200 HEM C2D -0.013 0.145 3.750 1.875 HEM CMD -0.013 0.175 3.905 1.952 HEM C3D -0.013 0.145 3.750 1.875 HEM CAD -0.013 0.118 3.905 1.952 HEM CBD -0.013 0.118 3.905 1.952 HEM CGD 0.140 0.105 3.750 1.675 HEM O1D -0.570 0.210 2.960 1.480 HEM O2D -0.570 0.210 2.960 1.480 HEM H5 0.000 0.000 0.000 0.000 #because not really there HEM H6 0.000 0.000 0.000 0.000 #because not really there HEM FE 2.000 0.000 0.000 0.740 PGA CB 0.034 0.118 3.905 1.952 PGA CG 0.033 0.118 3.905 1.952 PGA OE -0.550 0.210 2.960 1.480 PGA C 0.550 0.105 3.750 1.875 PGA O -0.550 0.210 2.960 1.480 PGA NT -0.400 0.170 3.250 1.625 PGA CD 0.600 0.105 3.750 1.875 PGA CA 0.033 0.800 3.800 1.900 PGA H2 0.250 0.000 0.000 1.200 RET C1 0.041 0.050 3.800 1.900 #retinal data from cindy g. RET C2 0.041 0.110 3.750 1.875 RET C3 0.041 0.110 3.750 1.875 RET C4 0.041 0.110 3.750 1.875 RET C5 -0.200 0.110 3.750 1.875 RET C6 -0.200 0.110 3.750 1.875 RET C7 0.000 0.115 3.800 1.900 RET C8 0.000 0.115 3.800 1.900 RET C9 -0.200 0.105 3.750 1.875 RET C10 0.000 0.115 3.800 1.900 RET C11 0.000 0.115 3.800 1.900 RET C12 0.000 0.115 3.800 1.900 RET C13 -0.200 0.105 3.750 1.875 RET C14 -0.200 0.105 3.750 1.875 RET C15 0.041 0.160 3.910 1.955 RET C16 0.041 0.160 3.910 1.955 RET C17 0.041 0.160 3.910 1.955 RET C18 0.041 0.160 3.910 1.955 RET C19 0.041 0.160 3.910 1.955 RET C20 0.041 0.160 3.910 1.955 RET H1 0.090 0.000 0.000 0.000 RET H2 0.090 0.000 0.000 0.000 RET H3 0.090 0.000 0.000 0.000 RET H4 0.090 0.000 0.000 0.000 RET H5 0.090 0.000 0.000 0.000 RET H6 0.140 0.000 0.000 0.000 CYT C1' 0.530 0.050 3.800 1.900 #Nucleotide data added. Jie Liang.7/1/96 CYT C2 0.550 0.105 3.750 1.875 #OPLS Nucleotide base. JACS113:2811(91) CYT C2' -0.200 0.050 3.800 1.900 #deoxy ribose CYT C3' 0.000 0.080 3.500 1.750 CYT C4 0.460 0.080 3.500 1.750 CYT C4' 0.000 0.080 3.500 1.750 CYT C5 -0.060 0.080 3.500 1.750 CYT C5' 0.000 0.080 3.500 1.750 CYT C6 0.100 0.080 3.500 1.750 CYT H1' 0.100 0.050 2.500 1.250 CYT H2' 0.100 0.050 2.500 1.250 CYT H3' 0.100 0.050 2.500 1.250 CYT H4' 0.100 0.050 2.500 1.250 CYT H41 0.385 0.000 0.000 0.000 #H-NC4/N3? CYT H42 0.355 0.000 0.000 0.000 #H-NC4/C5? CYT H5 0.100 0.050 2.500 1.250 CYT H5' 0.100 0.050 2.500 1.250 CYT H6 0.100 0.050 2.500 1.250 CYT N1 -0.560 0.170 3.250 1.625 CYT N3 -0.540 0.170 3.250 1.625 CYT N4 -0.790 0.170 3.250 1.625 CYT O1P -0.660 0.210 2.960 1.480 # Use O(=) in dimethylphosphate. Right? CYT O2 -0.480 0.210 2.960 1.480 CYT O2P -0.430 0.170 3.000 1.500 # Use O(-) in dimethylphosphate. Right? CYT O3' -0.700 0.170 3.070 1.535 CYT O4' -0.500 0.170 3.000 1.500 # Use OS of O1' in OPLS data. Correct? CYT O5' -0.700 0.170 3.070 1.535 CYT P 0.780 0.200 3.740 1.870 CYT H2'' 0.100 0.050 2.500 1.250 CYT H5'' 0.100 0.050 2.500 1.250 THY P 0.780 0.200 3.740 1.870 THY O1P -0.660 0.210 2.960 1.480 # Use O(=) in dimethylphosphate. Right? THY O2P -0.430 0.170 3.000 1.500 # Use O(-) in dimethylphosphate. Right? THY O5' -0.700 0.170 3.070 1.535 THY C5' 0.000 0.080 3.500 1.750 THY H5' 0.100 0.050 2.500 1.250 THY H5'' 0.100 0.050 2.500 1.250 THY C4' 0.000 0.080 3.500 1.750 THY H4' 0.100 0.050 2.500 1.250 THY O4' -0.500 0.170 3.000 1.500 # Use OS of O1' in OPLS data. Correct? THY C1' 0.560 0.050 3.800 1.900 #ribose data THY H1' 0.100 0.050 2.500 1.250 # Use Uracil data. THY N1 -0.600 0.170 3.250 1.625 THY C6 0.080 0.080 3.500 1.750 THY H6 0.100 0.050 2.500 1.250 THY C2 0.500 0.105 3.750 1.875 THY O2 -0.400 0.210 2.960 1.480 THY N3 -0.510 0.170 3.250 1.625 THY H3 0.360 0.000 0.000 0.000 THY C4 0.450 0.105 3.750 1.875 THY O4 -0.420 0.210 2.960 1.480 THY C5 -0.070 0.080 3.500 1.750 THY C5M -0.140 0.080 3.500 1.750 THY H51 0.080 0.050 2.500 1.250 THY H52 0.080 0.050 2.500 1.250 THY H53 0.080 0.050 2.500 1.250 THY C2' -0.200 0.050 3.800 1.900 #deoxy ribose THY H2' 0.100 0.050 2.500 1.250 THY H2'' 0.100 0.050 2.500 1.250 THY C3' 0.000 0.080 3.500 1.750 THY H3' 0.100 0.050 2.500 1.250 THY O3' -0.700 0.170 3.070 1.535 ADE C1' 0.500 0.050 3.800 1.900 #ribose data ADE C2 0.220 0.080 3.500 1.750 ADE C2' -0.200 0.050 3.800 1.900 #deoxy ribose ADE C3' 0.000 0.080 3.500 1.750 ADE C4 0.380 0.080 3.500 1.750 ADE C4' 0.000 0.080 3.500 1.750 ADE C5 0.150 0.080 3.500 1.750 ADE C5' 0.000 0.080 3.500 1.750 ADE C6 0.440 0.080 3.500 1.750 ADE C8 0.200 0.080 3.500 1.750 ADE H1' 0.100 0.050 2.500 1.250 ADE H2 0.200 0.050 2.500 1.250 ADE H2' 0.100 0.050 2.500 1.250 ADE H3' 0.100 0.050 2.500 1.250 ADE H4' 0.100 0.050 2.500 1.250 ADE H5' 0.100 0.050 2.500 1.250 ADE H61 0.385 0.000 0.000 0.000 #Use Adenine H-NC6/N1. Right? ADE H62 0.355 0.000 0.000 0.000 #Use Adenine H-NC6/C5. Right? ADE H8 0.200 0.050 2.500 1.250 ADE N1 -0.530 0.170 3.250 1.625 ADE N3 -0.550 0.170 3.250 1.625 ADE N6 -0.810 0.170 3.250 1.625 ADE N7 -0.490 0.170 3.250 1.625 ADE N9 -0.500 0.170 3.250 1.625 ADE O1P -0.660 0.210 2.960 1.480 # Use O(=) in dimethylphosphate. Right? ADE O2P -0.430 0.170 3.000 1.500 # Use O(-) in dimethylphosphate. Right? ADE O3' -0.700 0.170 3.070 1.535 ADE O4' -0.500 0.170 3.000 1.500 # Use OS of O1' in OPLS data. Correct? ADE O5' -0.700 0.170 3.070 1.535 ADE P 0.780 0.200 3.740 1.870 ADE H2'' 0.100 0.050 2.500 1.250 ADE H5'' 0.100 0.050 2.500 1.250 GUA C1' 0.500 0.050 3.800 1.900 #ribose data GUA C2 0.460 0.080 3.500 1.750 GUA C2' -0.200 0.050 3.800 1.900 #deoxy ribose GUA C3' 0.000 0.080 3.500 1.750 GUA C4 0.340 0.080 3.500 1.750 GUA C4' 0.000 0.080 3.500 1.750 GUA C5 0.120 0.080 3.500 1.750 GUA C5' 0.000 0.080 3.500 1.750 GUA C6 0.520 0.105 3.750 1.875 GUA C8 0.200 0.080 3.500 1.750 GUA H1 0.380 0.000 0.000 0.000 GUA H1' 0.100 0.050 2.500 1.250 GUA H2' 0.100 0.050 2.500 1.250 GUA H21 0.400 0.000 0.000 0.000 # H-NC2 GUA H22 0.400 0.000 0.000 0.000 # H-NC2 GUA H3' 0.100 0.050 2.500 1.250 GUA H4' 0.100 0.050 2.500 1.250 GUA H5' 0.100 0.050 2.500 1.250 GUA H8 0.200 0.050 2.500 1.250 GUA N1 -0.560 0.170 3.250 1.625 GUA N2 -0.800 0.170 3.250 1.625 GUA N3 -0.510 0.170 3.250 1.625 GUA N7 -0.490 0.170 3.250 1.625 GUA N9 -0.500 0.170 3.250 1.625 GUA O1P -0.660 0.210 2.960 1.480 # Use O(=) in dimethylphosphate. Right? GUA O2P -0.430 0.170 3.000 1.500 # Use O(-) in dimethylphosphate. Right? GUA O3' -0.700 0.170 3.070 1.535 GUA O4' -0.500 0.170 3.000 1.500 # Use OS of O1' in OPLS data. Correct? GUA O5' -0.700 0.170 3.070 1.535 GUA O6 -0.510 0.210 2.960 1.480 GUA P 0.780 0.200 3.740 1.870 GUA H2'' 0.100 0.050 2.500 1.250 GUA H5'' 0.100 0.050 2.500 1.250 GUA C1' 0.500 0.050 3.800 1.900 #ribose data NH3 N -0.450 0.170 3.250 1.625 #from Shankar NH3 H +0.150 0.050 2.500 1.250